Durante tutto il secolo XIX si registrano continui lavori di adattamento e ampliamento del complesso, perlopiù su edifici sui quali s’interviene in genere non ampliando la volumetria esistente ma sopraelevando in varie fasi i fabbricati. Un cambiamento è effettuato anche nella tipologia di pazienti: dal 1834, nell’ospedale sono ricoverate anche pazienti donne, che però dal 1874 verranno trasferite nell’apposito stabilimento manicomiale edificato sull’isola di San Clemente.
Tale è l’elenco delle modifiche edilizie documentate presso la Fondazione San Servolo durante il XIX secolo:
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