Nell’ottobre 1943 il nuovo ospedale psichiatrico a San Basilio viene requisito dalle truppe tedesche e i malati trasferiti nell’antica struttura al centro di Rieti. La sede estraurbana sarà restituita alle sue funzioni solo nel 1945, a guerra conclusa. Contemporaneamente, in seguito a uno scontro avvenuto con il vice Presidente della Provincia Enrico Matteucci in merito alla richiesta di questo di ospitarvi alcuni soldati, il direttore Alessandrini, vedendosi costretto ad accettare usi che cosiderava impropri nel suo nuovo ospedale, già peraltro pesantemente investito dal conflitto, si risolve a trasferirsi ad Ancora lasciando il suo incarico al dottor Francesco Carocci.
A metà giugno 1961, con un nuovo progetto, ancora a firma di Gino Dell’Uomo D’Arme, che semplifica ulteriorente, di fatto, quanto previsto da Milani, si prevede il completamento dei padiglioni Agitati Donne e Uomini [RI_4_2_21; RI_4_2_22; RI_4_3_11], il secondo dei quali non verrà mai finito [RI_4_3_12], mentre continua a essere in attività Villa Focaroli, affidata alla cura delle Suore Mantellate, nella quale queste risiedono e dove sono internati i bambini frenastenici.
Il resto del complesso così come era stato ideato da Milani e Novelletto non sarà mai più realizzato.
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