Dal 1979, anno successivo alla chiusura del manicomio in virtù della legge 180/78 il complesso ospita la Fondazione San Servolo I.R.S.E.S.C. (Istituto Ricerche e Studi sull’Emarginazione Sociale e Culturale) all’interno della quale sono inventariati e ricollocati gli archivi e le biblioteche dei manicomi di San Servolo e di San Clemente. Al centro studi sono affiancate altre istituzioni dedicate alla formazione, il V.I.U. (Venice International University) e il Centro Europeo di Venezia per i Mestieri della conservazione del Patrimonio architettonico.
Nell’ambito della fondazione, è allestito un “Museo del Manicomio di San Servolo”: i reperti sono collocati in alcuni piccoli ambienti al primo piano dell’edificio che si sviluppa intorno alla chiesa settecentesca; l’accesso al museo avviene dalla scala interna posizionata a sinistra rispetto all’ingresso della chiesa. Il percorso espositivo inizia con una sezione storica sul manicomio per proseguire con le sezioni dedicate alle terapie, tramite reperti e testimonianze riferiti all’idroterapia, agli strumenti di contenzione, all’ergoterapia, elettroterapia, farmacoterapia, musicoterapia. Viene quindi esposta la strumentazione di laboratorio e ambulatorio. Al piano terra, in un locale adiacente alla chiesa, è ricostruita l’antica sala anatomica con il tavolo autoptico; sono inoltre visitabili all’interno del complesso l’antica farmacia del manicomio e le biblioteche di San Servolo e San Clemente.
Dalla dismissione fino ad anni recenti l'intero complesso è interessato da interventi di restauro, riqualificazione e riorganizzazione a cura dell'Ufficio tecnico della Provincia di Venezia. Criterio guida del progetto del Settore Edilizia [VE_SS_4_2_13] è stata la considerazione che il complesso monumentale, sia per le condizioni di degrado che per le trasformazioni susseguitesi nella storia della fabbrica, esprime un valore storico ma non il permanere di valori architettonici e artistici stabili, tranne che per la chiesa [VE_SS_4_3_7] (sottoposta a restauro conservativo) e per alcuni elementi strutturali quali murature portanti e strutture di orizzontamento di legno. I criteri generali che hanno guidato l'intervento sono la volontà di mantenere i volumi dei fabbricati e le fonometrie esterne di porte e finestre, di unificare l'aspetto esterno dei padiglioni e del parco [VE_SS_4_3_13], in modo da dare riconoscibilità all'intero complesso. Per quanto possibile si è mantenuta la continuità di funzioni (attività direzionali, residenziali, di laboratorio) e la divisione preesistente degli ambienti.
Per il nucleo monumentale [VE_SS_4_3_6], sono adottati elementi architettonici sia strutturali sia di finitura della tradizione veneziana: murature portanti, travi lignee per i solai, rivestimenti interni ed esterni in malta di coccio pesto con finiture a marmorino o calce rasata, pavimenti in terrazzo alla veneziana o in marmo di Pietra d'Istria e Rosso Verona. Per gli stabili novecenteschi è invece privilegiato l’aspetto funzionale, anche in considerazione del fatto che tali strutture non avevano particolari caratteri di lusso nemmeno nel periodo ospedaliero.
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