Dopo l'emanazione della L. 180/1978, l'ospedale psichiatrico diventa presidio ospedaliero dipendente dall'Unità Sanitaria Locale n. 15 di Volterra [PI_4_1_6]. Nel 1984 ha inizio il trasferimento dell'ospedale civile di Volterra, ubicato nel centro cittadino, nelle strutture dell'ospedale psichiatrico, con la denominazione di Spedali Riuniti di Santa Maria Maddalena che dal 1995 dipende dalla USL 5 di Pisa - zona Alta Val di Cecina. Tra il 1985 e il 1989 si procede alla straordinaria manutenzione dei padiglioni Tebaldi, Lombroso, Castiglioni e centro sociale (ex Claude Bernard). Nel 1990, risultano inutilizzati i padiglioni: Charcot, Ferri (divisioni Cerletti De Santis), Livi, Maragliano, Ramazzini,Tanzi (loc. Tignamica), Morselli (loc. Caggio), Officina giudiziari, la Villa del Direttore (Domus Aeoli).
I padiglioni con destinazione extra ospedaliera sono i seguenti: Castiglioni (servizio veterinaria), Tebaldi (Uffici amministrativi), Centro Sociale (ex Claude Bernard), Zani, Mendel, Mascagni, Darwin, Spallanzani, Canestrini, cinema-teatro, Kraepelin (in parte), autorimessa, ufficio azienda agraria. L'ampliamento della cucina centrale è ultimato nel 1993. Nello stesso anno il padiglione Koch è completamente ristrutturato e destinato a centro diurno semiresidenziale per disabili. Dal 1999, la società Auxilium Vitae, Centro Clinico di Riabilitazione Multispecialistico, inizia le attività cliniche acquisendo alcuni padiglioni dell'ex-ospedale psichiatrico già destinati all'ospedale civile: il Morel, che dopo la chiusura della lavanderia (1988) e del guardaroba (1995), è trasformato in centro di riabilitazione neurologica (1995); il centro di riabilitazione cardiologica già presente nel padiglione Biffi (1999); le officine elettricisti e falegnami (Cisalpino e Paracelso), trasformate in unità gravi lesioni acquisite (2001); l’ex-Direzione e Casa Suore (ex-convento di San Girolamo), trasformata in Foresteria (2005); le officine fabbri e meccanica, Galeno e Ippocrate, trasformate in centro di unità respiratoria e centro svezzamento (2007). Per il padiglione Bianchi, acquisito dall'ATER di Pisa (oggi ASPA) è previsto fin dal 2000 il recupero per la realizzazione di 20 alloggi di edilizia residenziale pubblica. L'area di Poggio alle Croci, comprendente, oltre ai terreni, i padilgioni Charcot (inutilizzato dal 1996), Maragliano, Ferri (inutilizzato dal 1982), l'Officina giudiziari, il Sarteschi e il più recente reparto Neurologico (inaugurato nel 1975), tutti in completo abbandono e in pessime condizioni di stabilità e conservazione, è ceduta nel 2006 a una società privata [PI_4_3_7; PI_4_3_9]. Il piano attuativo per il recupero dell'area e del complesso edilizio a destinazione residenziale e servizi (2008), è stato recentemente adottato con delibera del Consiglio comunale (2012). Nel 2012 sono state eseguite dall'ex-Dipartimento di Ingegneria Civile dell'università di Pisa, prove di stabilità delle murature del padiglione Livi, completamente abbandonato dal 1975, di cui non si esclude la demolizione [PI_4_3_8].
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