Nel novembre 1943 la quasi totalità degli edifici che compongono l’ospedale psichiatrico è requisita dall’esercito tedesco, che lo trasforma in ospedale militare, previo allontanamento di tutti i pazienti. Alcuni ricoverati del Centro Neurologico sono dimessi, mentre per 121 ammalati si ricorre alle cure omofamiliari. I rimanenti 971 pazienti sono trasferiti nei manicomi di Mombello (220), Como (220), Bergamo (216), Novara (112), Sondrio (80), Voghera (73) e Cremona (50).
Il 6 novembre 1943 i tedeschi prendono possesso di tutti i padiglioni, a eccezione del padiglione di isolamento e dei fabbricati destinati alla colonia agricola, adibendoli a centro neurochirurgico per i soldati feriti. Trasformazioni interne e parziali distruzioni seguono tale decisione. Alcuni interventi di abbellimento sono invece eseguiti da alcuni ricoverati tedeschi, dei quali ancora oggi permane una serie di pitture parietali all’interno dei padiglioni raffiguranti scenografie urbane.
L’occupazione dell’ospedale da parte dell’esercito tedesco finisce tra il novembre del 1944 e il gennaio dell’anno successivo, quando i soldati lasciano il manicomio trafugando i macchinari e le attrezzature medico-chirurgiche e medico-scientifiche. Il danno per la struttura è ingente e conteggiato dalla Provincia in 9.055.000 lire.
Dopo l’abbandono da parte degli ultimi soldati tedeschi il manicomio è occupato dalla Sanità Militare dell’esercito repubblichino: a questa nuova occupazione segue la decisione del Comitato di Liberazione Nazionale Provinciale di destinare il nosocomio a ospedale per i militari feriti e convalescenti rimpatriati, affidandolo alla Croce Rossa Internazionale, che vi installa anche un centro per la cura dei soldati affetti da patologie polmonari.
Al termine di un lungo dibattito, con promesse d’indennizzo solamente in parte mantenute, dal 30 agosto 1946 i padiglioni sono restituiti alla Provincia affinché li ridestinasse alle cure psichiatriche. Il processo si protrae nel tempo e termina il 14 settembre 1948. Nel frattempo la direzione sanitaria e l’economato dell’ospedale psichiatrico provvedono ad acquistare i materiali edili necessari al ripristino dei padiglioni, a riattrezzare i reparti e i magazzini e a far eseguire i lavori dai dipendenti interni e dai primi pazienti ritornati a Varese.
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