Nel 1948 il manicomio può dichiarare conclusi i lavori di risistemazione, a eccezione del ripristino delle attrezzature medico-scientifiche trafugate dai tedeschi e il 28 dicembre 1950 è autorizzata la riapertura del reparto di radiologia, röntdiagnostica e terapia fisica.
Sebbene alcuni pazienti già dal 1944 erano stati invitati a ritornare nei due padiglioni non sequestrati dall’esercito, solo nel 1948 inizia il trasferimento a Varese dei ricoverati nelle sedi provvisorie e nel 1949 tale operazione si può considerare conclusa. L’amministrazione sanitaria e la direzione dell’ospedale psichiatrico si concentrano sui nuovi indirizzi da dare alla struttura, e ripropongono Varese come centro di cura all’avanguardia per quanto concerne la ricerca delle cure psichiatriche e le terapie legate a Sakel (Shock insulinico), a Fiamberti (terapia acetilcolinica e leucotomie transorbitarie), a Cerletti (elettroshock) e a Wagner von Gauress (malarioterapia). Parallelamente sono realizzati i gabinetti medici attrezzati in ogni padiglione e si realizza una vera e propria sezione chirurgica, settica e asettica, organizzandola con corsie a 8 letti e stanze a uno e a due letti. Tale sistema è concepito essenzialmente attorno alla neuro-chirurgia, ma il direttore vuole che la sala operatoria sia attrezzata per potervi effettuare “interventi chirurgici di qualsiasi genere”. Specifiche convenzioni sono stipulate con l’INAM (Istituto Nazionale per l’Assicurazione contro le Malattie) e l’ENPAS (Ente Nazionale Previdenza e Assistenza dipendenti Statali) per potenziare il Centro Neurologico interno al manicomio.
Nei medesimi anni Fiamberti si adopera per implementare la psicoterapia distrattiva, che prevedeva una serie di attività ludico-ricreative connesse alla risistemazione degli ambienti interni dei padiglioni e alla realizzazione di campi da gioco. Nel 1955 il manicomio di Varese può contare su attrezzature sportive, tra cui campi da tennis, da football, da pallacanestro e da pallavolo, oltre che il più usuale campo da bocce, fatto costruire da Fiamberti anche nel manicomio di Sondrio.
Nel 1954 fa edificare anche il cinema-teatro denominato “Salone dei trattenimenti” che, per sua volontà, viene eretto all’esterno del recinto manicomiale, nel rispetto delle teorie alieniste di un moderato no-restraint e ne propone la fruizione al resto della città. Progettato dall’ufficio tecnico provinciale, la struttura è dotata di un bar e ambienti di servizio, e conta 266 posti a sedere.
Nei primi anni cinquanta, inoltre, è caldeggiato il progetto di ampliamento dell’originario plesso manicomiale, finalizzato alla realizzazione di due padiglioni, uno maschile e uno femminile, per il ricovero di ulteriori 300 pazienti, di un padiglione per il ricovero di malati mentali affetti da tubercolosi (50 posti letto), di un comparto per 50 bambini e di due reparti per 100 pazienti paganti. Il progetto, mai realizzato, avrebbe consentito di far salire i posti letto disponibili a circa 1.550. Tale aumento è invece ottenuto parzialmente sopraelevando i padiglioni Biffi e Morselli [VA_4_3_4], che ospitano nuove camere con i relativi servizi. Nel medesimo periodo è sopraelevato il padiglione della Cucina, nel quale sono inseriti nuovi volumi per ospitare gli alloggi per le suore [VA_4_2_8; VA_4_2_9] e la cappella privata per le infermiere e le religiose [VA_4_3_1; VA_4_3_2].
Gli anni cinquanta sono inoltre caratterizzati da una grande attenzione agli ambienti comuni e al verde: alcuni cortili interni sono trasformati in giardini arricchiti da aiuole, fontane e uccelliere; numerose panchine mobili, dipinte con colori vivaci fanno la loro comparsa lungo i viali interni. Apparecchi radio e televisori sono inseriti negli ambienti comuni, mentre i refettori sono rammodernati con arredi e seppelliti ritenuti più adeguati alle nuove tendenze psichiatriche.
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