Sul finire del 1906, Filippo Allegri è impegnato nel progetto per la soprelevazione padiglione Zacchia e di un nuovo padiglione capace di centoquattro letti (Verga). Ragioni finanziarie impongono la costruzione del solo padiglione Verga, che a causa di una prolungata sospensione dei lavori è ultimato nel 1910. Progettato su tre piani, secondo le più aggiornate tecniche edilizie manicomiali è dotato di gabinetti di chimica microscopica, fisiologica e batteriologica; di apparecchi elettroterapici, per correnti frankliniche e massaggi vibratori [PI_4_2_4; PI_4_2_5, 4_3_2]. L'importanza assegnata al lavoro nella cura degli alienati, porta la Congregazione di Carità all'acquisto del podere e della casa colonica di San Girolamo per destinarlo a colonia agricola interna (1906). La stessa Congregazione, con delibera del 09/06/1909, approva lo stanziamento per la soprelevazione del padiglione Biffi e l'ultimazione del padiglione Lombroso. Nonostante la costruzione dei nuovi padiglioni, al 1910, nell'ex-convento di San Girolamo, trovano ancora posto la direzione e i locali per il personale sanitario, il gabinetto fotografico, il refettorio, la sala di soggiorno e il piazzale per le ricoverate, la cucina, la tessenda, l'archivio, la biblioteca, il parlatorio, le celle per agitati [PI_4_3_1]. Tra il 1910 e il 1916 lo sviluppo edilizio del manicomio procede con interventi di nuova costruzione, ampliamenti e ristrutturazioni affidati all'opera dei ricoverati, degli infermieri, degli operai dipendenti dall'istituto e, per i lavori più delicati, con incarico diretto a ditte locali o di fiducia, sovente senza la tempestiva approvazione tutoria, sia dal punto di vista tecnico che amministrativo. Nell'agosto 1916 sono in costruzione il nuovo padiglione agitati (Biffi), oltre alla nuova cucina dell'istituto (Claude Bernard) e il forno e pastificio (Ramazzini), ultimati nel 1918 [PI_4_2_6; PI_4_2_7]. Tra il 1916 e il 1918 il numero dei ricoverati subisce un incremento repentino, in virtù delle convenzioni stipulate con ospedali militari, centri di prima raccolta, amministrazioni provinciali e altri manicomi (Colorno, Vicenza, Verona). Tra il 1917 e il 1918 la Congregazione di Carità accresce il proprio patrimonio fondiario con l'acquisto di numerosi poderi (Golfuccio, Pugneto, Poggio alle Croci, Colombaie, Terminella Sopra e di Sotto, tra gli altri). Nel 1919 è istituito l'Ufficio tecnico del Frenocomio di San Girolamo di cui il geometra Orazio Colivicchi assume il ruolo di responsabile, con la consulenza di Filippo Allegri. La disponibilità di manodopera interna dipendente e degli stessi ricoverati e infermieri, le officine fabbri, elettrica, la fornace, la falegnameria, tutte sotto il diretto controllo dell'Ufficio tecnico consentono di effettuare i lavori in economia, con notevole risparmio sul costo di costruzione. Non sempre, tuttavia, le opere sono eseguite a regola d'arte e non infrequenti sono i problemi di stabilità di strutture ed elementi. In tale quadro, l'ingegnere Gino Coppedè di Genova è incaricato di effettuare l'ispezione di tutti i fabbricati già costruiti e in corso di costruzione (11/03/1920). Le difficoltà finanziarie e di gestione amministrativa, anche per effetto di leggi più restrittive nei confronti delle Opere Pie, portano la Congregazione di Carità, a chiedere il trasferimento di tutti i beni immobili e mobili alla provincia di Pisa (01/11/1920).
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